windows server 2008 R2 64位系统无限提示不支持16位应用程序

这说明你哪个DLL的版本不对，DLL是分32位和64位的
1 去网上下载这个DLL文件的32位版本，将其放置到system32目录下面
2 重启系统，或者在CMD下面运行regsvr32 *.dll注册该DLL
3 你也可以使用腾讯电脑管家的电脑诊所来修复一下，这个不需要懂批处理，它有专门的解决方案，你点点鼠标就行，其余的它就替你搞定了

window server 2008 R2的IE安全策略有很多的限制，还有组策略等，如果不把这些东西优化一下的话，可以说很难用。你可以到一些如深度和宝藏网等专业的网站上学习一下设置和使用。